Postkeadilan | Bogor, Dr Rahadian Pratama, dosen IPB University dari Departemen Biokimia, Fakultas Matematika dan Ilmu pengetahuan Alam (FMIPA) memperkenalkan teknologi genome sequencing dengan Oxford Nanopore Technologies (ONT). Teknologi ini digunakan dalam beberapa penelitian tanaman tebang kayu hutan di IPB University.
“Teknologi ini sangat cocok untuk menggali kayu-kayu asli Indonesia yang memiliki potensial besar. Latar belakangnya, tanaman kayu hutan Indonesia jarang diminati dan digali potensinya. Teknologi ONT ini sudah digunakan IPB University dalam beberapa penelitian dari tahun 2020 hingga saat ini,” ujarnya.
Menurutnya, teknologi terbarukan ini merupakan generasi ketiga dari sekuensing DNA. Ia menceritakan, teknologi ini sudah digunakan untuk penelitian hutan eboni dari Makassar, salah satu tanaman yang rentan illegal logging.
“Para peneliti IPB University membuat metode analisis untuk mengidentifikasi kayu yang sudah ditebang. Penelitian terkait analisis filogenetiknya bahkan sudah terbit dalam berbagai publikasi nasional dan internasional,” jelasnya dalam Webinar Pemanfaatan Oxford Nanopore Technology untuk Whole Genome Sequencing bersama Direktorat Riset dan Pengembangan Universitas Indonesia (2/5).
Dr Rahadian bahkan menyebut, mahasiswa S2 IPB University juga telah menggunakan teknologi ini untuk meneliti beberapa pohon langka, yaitu Damar Mata Kucing (Shorea javanica) dan Pelahlar (Dipterocarpus littoralis). Pohon tersebut telah dimanfaatkan masyarakat untuk bahan bangunan rumah dan perahu, cat hingga parfum.
Analisis yang dilakukan berupa biosintetic gen cluster, eksplorasi genetik untuk mencari fungsi potensial tanaman yang didapatkan dari berbagai data metabolit.
“Teknologi sekuensing generasi ketiga ini berbasis real-time. Alatnya dapat membaca sekuens DNA secara cepat dengan bentuk portable dan kecil, pembacaan panjang dan high-throughput. Kekurangannya, akurasi pembacaan sekali rendah, tetapi pengembangannya hingga saat ini dinilai lebih baik,” terangnya.
Adapun, lanjut dia, di IPB University ONT yang digunakan adalah MinION. Jenis MinION cocok untuk memulai penelitian atau riset kecil-kecilan dan terbatas. Misalnya untuk penelitian pada genom tanaman, hewan dan bakteri.
“Sedangkan untuk rutinitas laboratorium, lebih cocok menggunakan GridION atau PromethION untuk riset besar. Misal untuk meneliti DNA yang membutuhkan output yang cukup besar,” pungkasnya. (IPB/MW/Rz/Bns)
